Accueil > Animation scientifique > Présentation > CAT Bionformatique et Gestion des Données - Gestion et Interopérabilité des données de phénotypage

CAT Bionformatique et Gestion des Données - Gestion et Interopérabilité des données de phénotypage

3 avril 2014

Animation et programme scientifique : Nathalie Rivière (Biogemma) et Manuel Ruiz (CIRAD)

En 2014, le Comité d'Animation Thématique "Bioinformatique et Gestion des Données" (CAT BGD) a été dédié à la gestion et l'interopérabilité des données de phénotypage. Exceptionnellement, il a été intégré à un évènement plus large et international : la semaine de Workshop « Crop Ontology and Phenotyping Data Interoperability » qui a eu lieu au CIRAD de Montpellier (du 31/03 au 04/04). Dix présentations orales courtes et une dizaine de posters ont mis en avant différents projets d’étude à grande échelle sur les espèces végétales.

Groupes20Final1

Les programmes de recherche internationaux présentés sont tournés vers l’établissement et la gestion de bases de données collaboratives associées à des travaux de biologie végétale. Manuel Ruiz (CIRAD) a notamment mis en avant différents PIA labellisés par le GIS BV (BreedWheat, Amaizing, Rapsodyn, PeaMUST, Aker, Sunrise, BFF, présentés comme des réseaux collaboratifs). Une présentation a été également dédiée au projet Phénome (Pascal Neveu et Cyril Pommier).

Les interventions, au format court de 15 min, donnaient une vue synthétique des projets. Des aspects très techniques ont toutefois été systématiquement abordés, concernant la mise en œuvre ou la gérance de ces dispositifs démesurés quant aux nombre et volume de données stockées (séquences, annotations, produits de génotypage/phénotypage, images, descriptifs associés, …). Malgré les différentes approches exposées (logiciels, accessibilité, …), il en ressort l’importance du retour des utilisateurs quant à la qualité des outils mis en place : ils sont en constante évolution et suivent les développements techniques des laboratoires (ex : nouveaux outils de phénotypage, d’imagerie, de bioinformatique… pouvant émaner de plateformes ou d’équipes uniques). A également été mise en avant l’importance du référencement des données par l’utilisation d’une terminologie commune, systématique et calibrée, ce qui est crucial par l’aspect collaboratif/interactif. Cette notion doit être définie dès le début des projets et respectée.

Ces outils sont, à l’heure actuelle, indispensables lorsque l’on connait le volume de données traitées. Les résultats des chercheurs se doivent d’être intégratifs et considérer tous les « niveaux » de la plante : molécules (génome/protéome… «All -omics levels »), cellules, organes, plante, groupe d’individus, environnement. Pour progresser les chercheurs doivent avoir une vision globale, dynamique et multidisciplinaire. Ces plateformes collaboratives permettent la mise en place de réseaux indispensables aux échanges entre scientifiques intervenant à ces différents niveaux.

Les participants se sont rejoints sur le fait qu’il était important de multiplier les rencontres, à la façon de ce workshop, pour travailler de concert à l’évolution de ces dispositifs et multiplier les coopérations.

107
Non
Comités d'Animation Thématique
Non
Conception Pulsar Informatique